El 27 de diciembre de 1963 una terrible inundación de agua destruyó la Biblioteca del Colegio e hizo horribles destrozos en las dependencias. He aquí como lo narra el Boletín Salesiano:
“A eso de las siete de la tarde empezó a entrar agua en la despensa, cocina y demás dependencias de la planta baja del colegio.
Al principio se creyó que sería una de tantas riadas que con cierta frecuencia sufre Utrera cuando caen lluvias torrenciales. Pero esta vez no era así.
De pronto apareció una verdadera tromba de agua procedente del arroyo cercano, irrumpiendo con una fuerza y velocidad enormes por todas las puertas y ventanas. El personal de servicio y los salesianos que estaban intentando salvar los comestibles más importantes, tuvieron que huir como pudieron ante la enorme avalancha de agua. En un momento quedaron inundadas, hasta el techo, cocina, despensa, comedores de los pequeños, la sala de juego, el Centro de los Antiguos Alumnos, la Biblioteca (con sus 20.000 volúmenes), la carpintería, etc.
En las Escuelas de San Diego (Enseñanza Primaria) el agua alcanzó la altura de dos metros y medio y destrozó libros, pupitres y máquinas de escribir.
Los daños sufridos se calculan en varios millones de pesetas, debido a que el agua destrozó la granja, el gallinero, la vaquería, el jardín, los comestibles acumulados para el curso escolar, etc.
En medio de tanto desastre hay que dar gracias a Dios de que no hubo desgracias personales. Al clérigo don Enrique Vargas, abandonado a su suerte en la despensa, se le abrió inesperadamente la puerta contra la corriente y así pudo escapar de una muerte segura. Momentos antes no pudieron abrir dicha puerta entre cinco personas. Igualmente se salvaron por unos segundos don José Sánchez, don Francisco de la Hoz y el carpintero de la Casa Sr. Rojas. Cinco salesianos quedaron aislados en la huerta durante toda la noche. Uno de ellos pudo ser salvado por los otros cuatro cuando ya era arrastrado por la corriente.
Fue un desbordamiento extraordinario del arroyo de las Calzas Anchas que atraviesa, canalizado bajo tierra, el Colegio.
Muestra la fuerza que llevaba tal avalancha de agua el hecho de que en la población levantó el suelo de varias calles” (Inundación en el Colegio Salesiano de Utrera, en Boletín Salesiano, LXXVII, 3 (Marzo 1963) pp. 20-21)
